Upravitelj programa je tijelo odgovorno za pripremu i provedbu programa. Ulogu upravitelja programa za Program lokalni razvoj i smanjenje siromaštva obavlja Ministarstvo regionalnoga razvoja i fondova Europske unije, Sektor za EU programe i međunarodne financijske mehanizme, Služba za upravljanje, praćenje i vrednovanje EU programa i međunarodnih financijskih mehanizama.